WII版的《海贼王 无尽的冒险》在原作的经典剧情上加入了原创的剧情及全新的角色，剧情讲述路飞在钓鱼时钓起了一颗神秘的宝珠，而钓起宝珠的同时海底却突然隆起一座小岛，船因暗礁的撞击而毁坏，船上的同伴也因此散落四处。玩家将负责找回所有的同伴，操作主角一行人面对岛上来袭的神秘敌人，展开全新的奇妙冒险。