狮子亚历克斯、斑马马蒂、长颈鹿迈尔曼、河马格洛丽亚以及企鹅们，被困在马达加斯加岛上进退两难。为了离开这里，企鹅们开始维修一架破旧的失事飞机，一开始还算顺利，一群动物们在飞机上开心庆祝即将回到五光十色的纽约，但随即坠落于非洲大草原。在这里他们遇见了许多自己的同类，但是因为在公园里待的太久，以至于跟这些野生的同类们相处起来不免有些隔阂。而且野外的环境也让这些“纽约客”们不太适应，他们开始有些想念纽约中央公园了……