曙光助中科院兰州分中心建超算中心

互联网 | 编辑: 杨雪姣 2009-11-19 00:00:00转载-投稿 一键看全文

曙光针对性的解决方案

随着信息化的发展,各行各业对于高性能计算机的应用需求越来越明显。曙光系列高性能计算机的诞生为推进我国的信息化建设做出了重要贡献,尤其在研究大气、陆面、工程、生态系统的动力、物理、化学过程的基本规律及其环境相互作用的数值模拟和同化理论与诊断分析,为冰川、冻土、沙漠基础研究,高寒干旱气候、生态、环境研究,以及工程、流域研究、高原气象、变化和的监测、预报及控制提供新理论和新方法,起到了重要的作用。助力国家重点研究课题的顺利展开。

用户背景:中科院寒区与旱区环境与工程研究所面对世界科技的发展态势和我国的战略需求,主要针对我国西部特殊的自然生态环境进行大规模的沙漠、冰川冻土、盐湖、青藏高原生物等的野外考察,摸清西部特殊领域的资源财富。以展开重离子物理、核辐射技术,选择氧化催化、固体润滑材料、石油地质,盐湖资源开发利用、沙漠化防治、青藏铁路、公路冻土防治、高原大气等学科研究,力求西部经济取得重大发展做出重大贡献。1978年以来,取得各类科研成果1650多项,获国家和省部以上重大成果650项。

用户需求:

随着国家重点课题建设的展开,该所在盐湖资源开发利用、沙漠化防治、青藏铁路、公路冻土防治、高原大气等学科研究显得更加迫切。而作为计算工具的计算机在计算速度和负载承受能力上均不能满足国家重点课题的需求。因此继续一套能够用于寒旱所的并行算法研究与科学计算的系统,以满足多层次课题组科研人员的使用需求。为了进一步做好科研工作,在中科院的统一组织下,该所组建了兰州中科院超级计算分中心。

针对性的解决方案:

针对兰州超算分中心对高性能、可扩展、高可靠、易管理等特点的需求,曙光公司经过分析之后,为兰州分计算中心配置了曙光天潮5000系列超级计算机构建高性能计算集群系统。本套集群系统用于大规模高性能计算,因此对性能有很高的要求。本方案从计算子系统、网络通信子系统以及存储子系统三个方面都进行了优化设计,力图设计性能平衡的系统,充分适合多种类型应用需求。

1、硬件方案:曙光公司为用户提供的曙光5000高性能计算集群硬件系统包括计算子系统、存储子系统、网络子系统、管理诊断子系统、接入子系统以及基础架构子系统五个部分,系统整体架构如下图所示:

2、软件系统:曙光5000高性能计算机提供丰富的软件系统,包括操作系统、编译器、调试器、函数库、并行通信库、全局共享并行文件系统等基础软件,以及曙光公司专门为业内高级用户开发的Gridview2.0综合监控管理系统、PowerConf智能功耗控制系统软件和业界领先的Platform作业管理软件。

计算子系统系统要求需要具备很高的峰值性能,能够支撑大量作业的并发。本方案的曙光5000计算子系统可以提供10Tflops计算能力,具备1152个2.2GHz计算单元和2.56TB海量内存,有很强的计算能力。计算资源既可以整体使用,也可以划分为多个逻辑分区灵活使用,以适应不同类型计算任务的需求。

对于超大规模并行作业和通信密集型作业,互联带宽和网络延迟性能影响数据通信速度,从而影响并行计算效率。本方案提供的Infiniband网络系统互联双向带宽达到40Gb/s;同时我们采用最新的ConnectX技术,并采用高集成度电路设计,MPI层软件延迟不超过1.5微妙,是目前业界性能最高的解决方案,上海超算曙光5000A实测1920结点的Linpack效率仍能达到78%。

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