关于自由/开源运动发展和知识产权保护问题，过去Linux创始人Linus Torvalds 曾说，“开源的成功显然也带来了很多新问题，我最担心的是一些非技术性障碍，比如司法方面的挑战、软件专利权等等。软件专利权是一个非常糟糕的东西，不过好在技术行业的大多数人已经开始意识到这一弊病了”。自由/开源软件的版权采用“左版（Copy Left）”的概念，在版权保护方面取得较为宽松的环境，但自由/开源软件躲不开专利的旋涡。在这次峰会上，北京大学张平教授认为，开源领域所有的东西都是开放式的授权，不论是Copy Left 或Copy Right, 不同于传统的知识产权授权，不是one by one的授权。MySQL创始人David Axemark说，软件专利对自由软件构成了威胁，它阻碍了信息共享；我们非常反对软件的专利权，它是维护大公司利益的。
Gartner副总裁James M. Popkin说：开源运动确实有点法律风险。所以，在合作创新愈来愈重要的今天，如何调整知识产权适合当今社会创新的状况，减少开源软件遭受专利侵扰的风险，尤为重要。OSDL的专家认为，国际上众多软件公司把自己的专利贡献给OSDL，放在其“专利池（pool）”中，用以遏制开源软件遭遇“专利侵权”的法律风险。IBM专家还介绍了“公开发明网络（open invention network）”这个组织（由IBM、Novell、Philips、Red Hat、Sony、NEC出资共建不谋盈利的企业型组织），出资购买有关专利，建立专利组合，放在专利公域（commons）中，用以保护Linux生态系统减少其受专利指控的风险；凡是申请加入该组织者，不但可以享受有关专利保护，也要做出承诺，不能利用其专利去诉讼其他Linux开发者、分发商与Linux用户。
2006年1月16日，自由软件基金会（FSF）首席法律顾问Eben Moglen在讨论由他起草的GPL3时说：GPL所关注的主要问题并不是技术细节而是维护用户的自由。我们强调了软件专利对整个软件产业（特别是自由软件）所构成的严重威胁，我们采取的对应策略是：“假若某人利用专利侵权指控某人有关该项专利程序的行为，那么，起诉原告方使用和修改遵守新版GPL规则的自由软件的一切权利立即被终止”。即：“你若控告某个自由软件的用户，你就不得再使用任何自由软件。”试想，在当今互联网时代，谁心里都明白，只要你使用互联网，你就必须使用某些自由软件，完全避开使用自由软件是不可能的。那么，以专利侵权起诉自由软件（使用者）就不是一件简单事情了。
O’Reilly媒体集团编辑Andy Oram对此评论道：“此举把对抗最大法律风险的途径转化为世界所有GPL支持者的团结一致。”对此，也有专家认为，Eben Moglen的上述说法似乎过于空洞。SUN公司首席开源技术官Simon Phipps在会上说，专利实际上是一种社会契约，各国政府在本国实施专利问题上有主导权，中国政府、中国企业对此应有明确认识，希望学习欧盟做法，才能在贯彻世贸规则、保护知识产权、扶持开源运动方面，排除别人滥用“专利权”。
“北京峰会”在8月24-25日召开前早已获知Linus Torvalds本人反对GPL3的提案，他坚持还不如执行GPL2为好。“北京峰会”的组织者会前曾征询GPL3提案起草者、自由软件基金会（FSF）首席法律顾问Eben Morglen对“反对意见”的看法，Eben Morglen先生在回信中未表示具体的看法，只是告之即将公布GPL3草案第二版，可供“北京峰会”研究。 北京的专家认为，新版GPL如果不能获得妥善处理，可能导致开源运动的分裂。
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