因为《真魂斗罗》大家都比较熟悉了，这里只是重点说一下《Neo魂斗罗》。
《真魂斗罗》强调的是Boss战，游戏过程可以说就是简单的从Boss到Boss。
《Neo魂斗罗》在变换了游戏方式以后，大幅度强化了游戏的过程。如果说《真魂斗罗》类似于去掉了纵深关卡的《魂斗罗》，而《Neo魂斗罗》则是《超级魂斗罗》的俯视关卡和《魂斗罗》的纵深关卡的结合。
《Neo魂斗罗》的基本操作和《真魂斗罗》基本相同，方向键和左遥杆控制人物的移动和武器的方向，L1和R1用于两种普通武器之间的切换，L2用于固定射击方向，R2用于固定人物本身，方框为普通武器，三角为锁定武器，叉为紧急回避。
《Neo魂斗罗》的武器分为普通武器和锁定攻击武器，用于对于不同层面的敌人——也有部分敌人可以被两种武器击中。
锁定武器攻击键按下以后枪口会出现类似于手电筒光束的雷达扫描范围指示，按下不放可以一直处于锁定状态，此时可以对单个目标进行复数攻击锁定以及多个目标锁定（配合R2的使用效果会更好），不同的锁定武器弹数不同，当锁定数目达到极限的时候，雷达指示的光会变色。锁定武器的攻击速度很重要，武器再填充速度和这个有密切的关系。
玄兵卫这个家伙，武士刀的攻击力令人惊讶的强，能够在第二关通关以后获得，在“option”里的“charater”用2P手柄选择玄兵卫的普通装备还是武士刀装备，武士刀装备是基本装备，它会在各种模式中
取代一种普通武器的位置，并不是一种单独的模式。
武士刀并且能够砍掉（抵消）某些种类的弹丸攻击；但在《Neo魂斗罗》这种被敌人一碰就死判定的游戏中，肉搏战明显有很大的风险，用刀还是不如用枪来的方面的保险，不过玄兵卫的机枪加武士刀确实是非常厉害的组合——当然，这个仅仅是在普通装备里而已。
装备Type D是一个很强力的隐藏模式，第4关通关以后获得。
基本武器1是闪电发射器，虽然不是全屏幕的射程，但是能有波及到闪电前进路线周围一定范围的敌人（这样无形中增加了射击效果的范围），并且击中敌人以后有连锁攻击的效果；闪电发射器还能攻击相当一部分处于锁定层面上的敌人——这个武器确实很优秀。
普通武器2为飞弹，威力相当惊人（当然，没有玄兵卫的武士刀霸道）。
锁定武器为“天堂之光”，，正如它的名字，它的威力是所有锁定武器中最大的，并且完全不会被障碍阻挡，攻击速度也相当的快，是一个完美的锁定武器，这个东西也可以用于攻击普通武器层面的敌人——当然，因为不是锁定攻击，所以需要在空振发射点上才能有效。（弹数4发）
Type E就有点调料的味道了，第5关通关以后获得。
普通武器1攻击居然是钻头？？？！！！发射速度比较慢，但是击中敌人以后在敌人身上连续的钻击威力很大（又使我想起了盖塔）。
普通武器2是反射式激光，发出去的激光可以在屏幕周围连续的弹反，激光威力不是很大。
锁定攻击是——————浮游炮？！？！？！居然是浮游炮？而且很像卡碧尼的浮游炮，机动方式也相当的像，不过攻击方式是用撞的，攻击力也不错。（弹数6发）
Type F更像是把《宇宙巡航机》的家伙给搬来了，第6（7？）关通关以后获得。
普通攻击1是光环镭射——就是《宇宙巡航机》上那种可以扩大的，威力一般，比机关枪要好。
普通攻击2是连续直线激光，威力很不俗，并且由于是不间断攻击，甚至比起Type D的飞弹，威力也不遑多让。并且有着比机关枪更广的扫射效果。
锁定武器是4个类似于《宇宙巡航机》中子机的东西飞出去直撞敌人——这使我想起了《沙罗曼蛇2》的子机爆弹，几乎是完全相同的攻击方式，威力一般，并且这个东西有犯迷糊的时候——偶尔会绕敌人一两圈再击中敌人。（弹数4发）
两种不同的武器多用于对不同层面敌人的攻击，但是其中切换攻击有硬直时间，加上陆上不停增援的敌人、某些版面空中不时锁定攻击，在战场上频繁的跑动规避是《Neo》的特色，比起《真》背版面的方式可以说一大改革。
由于游戏是平面俯视，紧急回避系统取代了跳跃，紧急回避动作完成以后会有一瞬间的行动不能，这样避免了连续使用紧急回避躲避弹幕之类的做法。
紧急回避分为两种方式：原地紧急回避和移动紧急回避，原地紧急回避发动的一瞬间对于任何攻击都有无敌判定；而移动紧急回避不能和敌人本体相碰（也就是说不能做出穿越敌人本体的动作），并且对于某些攻击没有无敌属性。
熟练的运用紧急回避可以做一些很炫的动作，快速的锁定敌人——锁定攻击——紧急回避——普通攻击，《Neo》的战斗过程比起《真》更加的流畅和精彩，并且剧情也更加的复杂化，有点《MGS》的味道了。并且这次的人设较之《真》更为出色，Bill
Rizer更有男子汉气概——骠悍、勇猛、豪爽，Bill Rizer就是魂斗罗精神的象征。
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