《玛娜之子》的故事发生在Illusia大陆，这片大陆位于世界的中心。在Illusia的中心有一棵苍天大树，这棵树实在是过于巨大，以至于其本身就像一座森林。很多年以前，一场大灾难夺取了无数人的生命，后来一个男孩和女孩用圣剑拯救了世界。时光流逝，大地迎来了新的和平，人们开始重建世界。圣剑和巨树保留了下来，人们称之为玛娜之剑和玛娜之树。本作的故事围绕刚刚诞生的玛娜女神和玛娜圣剑，描述了被聚集到玛娜之树周围的孩子们。
本作有三位主要角色，Frick是一个阳光热血少年，然而却在大灾难中失去了双亲，他与Pop和Tumble一起长大，就像兄弟姐妹。一次被骑士所救之后，Frick开始拼命练习剑术。Pop的父亲在大灾难中死去，他的母亲也在生他的时候不幸死去。Pop是一位自我中心的孩子，从不畏惧，并且以自己的方式行事。Tumble的年龄与Frick相若，不过显得较为成熟。在大灾难中，她的父母和弟弟不幸身亡。
在《玛娜之子》中有三种主要武器类型：剑、弓箭和连枷。每个角色都可以装备这些武器，每一种武器都有标准攻击、特殊攻击和极限技。X和A键为使用武器。剑是最容易使用的武器类型，只要一击就可以打倒多个敌人，甚至还可以像林克那样用剑来砍草以发现道具。剑的特殊攻击可以阻挡对方的攻击，并将投射武器反弹回去。
弓箭是远距离攻击武器，装备上弓箭后，画面中会出现瞄准的标记，当敌人在射程范围内，标记就会变成红色。弓箭的特殊技会令敌人产生状态异常。连枷的作用位于弓箭和剑之间，是一种可以远距离攻击也可以近距离作战的武器。它的基本形态与剑类似，可以用来攻击周围的敌人。它也可以延展成为抓勾，用来抓住道具或者敌人。
极限技体现了每一种武器的真正实力。用标准技攻击敌人时会不断积蓄极限技槽，将此槽蓄满，就可以发动极限技。剑的极限技是冲锋向前，将前方的敌人全部击倒。连枷的极限技是向周围敌人发动全方位攻击，弓箭的极限技则是发动箭雨。本作的游戏流程约为25到30小时左右，其中还有很多隐藏要素大大增加游戏时间。
