SAAM的全称是“SEMI-ACTIVE AIR-TO-AIR MISSILE”，即半自动空对空导弹，具有极高的诱导性能和非常长的射程。但是由于没有其它导弹的自动尾随功能，因此只能再画面中央瞄准敌人后进行射击才能命中敌人，是适合机体操作能力极强的专业级玩家的特殊兵器。XLAA的全称是“高级远程空对空导弹”，是具有极长射程距离的对空攻击用导弹，最多可以锁定四个空中目标进行同时攻击，在空中战时非常实用。
空对地特殊兵器方面FAEB全称为“燃料气化爆弹”，这是一种投下型爆弹，可以在着弹地点散发出大量高挥发性的燃料，从而引起大爆炸。虽然没有诱导，但是有着非常广的攻击范围，非常适合目标密集型地点。由于其爆炸冲击波也会影响到上空，因此也可以用来轰炸低空飞行的战斗机。RCL是普通的火箭发射筒，可以连续发射最多8颗火箭推进型无诱导弹，由于没有诱导性能，因此一般只适用于敌机正面飞来时瞄准发射。BDSP全称为“小弹头布阵器”，可以往飞机正下方投放小型爆弹，炸弹以自由落体着地轰炸目标，从而实现沿着飞机飞行方向形成的带状轰炸范围。NPB是凝固汽油爆弹，也是无诱导投下型爆弹，不过是向地标投下可燃物体使其燃烧，也是对着弹方向带状沿线的敌人造成损害。ECMP是一种妨害电波，可以使效果范围内的敌目标捕捉能力一时明显降低，是一种防御型武器。在导弹警报于HUD中出现时会有一段限定时间，玩家在一定时间内锁定即可发动，在紧急回避导弹时非常有用。
《皇牌空战 零》与之前的作品一样可以使用佣兵自己赚来的钱购买自己喜欢的机体和特殊武器，可以购买的机体根据任务的进行情况以及特定机体的击坠情况而定。每种机体都准备有3种特殊武器。本作的各机体都准备了五种颜色，机体的颜色会随着游戏的进行不断追加。
