本作的主角与《Persona》系列的一贯特征有着很大的不同，他不仅可以召唤Persona，还可以将自己变为Persona恶魔。最后他将会成为一个以打败Shadow为目标的军团领袖。本作故事发生在一个有海港地区和人工岛的小镇上，主角的学校就在小岛上而宿舍则是在海港地区。本作的发展流程以每天的上课为线索，每天从到达学校开始，至回到宿舍结束。在上课期间，玩家可以对学校周边进行调查。本作的游戏内时间为1年。
虽然游戏中的多数时间都是上课时间，不过到了周末也会有其它活动，例如与其他人约会以提高好感度，而好感度将会影响到与Shadow的战斗。即使是在没有约会的时候，玩家也可以在镇上自由探索，探访任何店铺。游戏中也有夏季补课学校，还有夏季体育活动等。其他仲间也有他们的日常生活，到了考试前几天，他们就会把自己锁在房间里学习，因此就无法让他们一起与Shadow战斗了。并且有些人还会因为生病而缺席。
到了午夜的时候，本作就会转入“Shadow Time”，这时Shadow们就会在街头游荡，战斗主要发生在这个时候。在这段时间内，没有Persona召唤能力的普通人就会变为棺材，失去所有知觉。而一些仍然是人形的人就会成为Shadow的目标，他们将会以人类的灵魂为食。当队伍使用枪状的召唤设备呼叫Persona时，就会进入战斗状态。战斗不一定要化身为Persona，也可以使用武器直接战斗。战斗结束后会获得Persona卡片。这些卡片中寄存着Persona，将这些卡片带到Persona房间里就可以进行卡片合成，生成新的Persona。
