日本计算机娱乐供货商协会（ CESA ）于 9 月 22 日发表 2006 年日本游戏大奖的 年度作品部门 与 独立制作部门 的得奖名单，并于同日开幕的 2006 年东京电玩展现场舞台活动区举行颁奖典礼。
日本游戏大奖由 CESA 所主办，原称 CESA 游戏大奖（ CESA Game Awards ） ，今年 4 月正式改名为 日本游戏大奖（ Japan Game Awards ） ，并将时间提前到与东京电玩展同步举办颁奖典礼。
日本游戏大奖的 年度作品部门 与 独立制作部门 是透过透过网络、邮件与手机等方式，由日本地区的玩家针对期间内（本届为 2005 年 4 月 1 日起至 2006 年 3 月 31 日）当地发行的各款游戏进行分项评选，并由选考委员会选出年度代表作颁给大奖的殊荣。而 未来部门 则是由东京电玩展参访者针对参与展出的未上市游戏进行现场投票，再由选考委员会从票选出的名单中选出代表性作品。
年度作品部门 任天堂是最大赢家
年度作品部门奖分为大奖、优秀奖、最佳销售奖、全球奖与特别奖等项目。大奖由 NDS 的《脑力锻炼》以及 PS2 的《 Final Fantasy XII 》获得，前者以创新的活化脑力为出发点，开拓了崭新的市场，在中高年龄层的消费者间造成一股旋风；后者则是以系列作最佳的画面表现、壮大的世界观、卓越的故事、无接缝式的战斗系统与音乐等各方面的高完成度，在玩家票选中获得压倒性的得票数与高评价。
优秀奖分别由 NDS 《欢迎光临 动物之森》、《电子鸡的小商店》、《任天狗》、《马里奥赛车 DS 》、 PS2 《王国之心》、《深渊传说》、《怪物猎人 2 》、《人中之龙》、《旺达与巨像》等 9 款游戏获得。最佳销售奖由统计期间内卖出 251 万套的 NDS 《欢迎光临 动物之森》获得。全球奖日本作品部门由 NDS 《任天狗》获得，全球奖海外作品部门由 PC 《魔兽世界》获得。
特别奖则是由 NDS 《 DS 英语能力训练》与 PSP 《怪物猎人 携带版 2nd 》获得。在 16 个得奖名额中，任天堂就占了 7 个，是所有获奖厂商之最，其次则为 SQUARE ENIX 、 CAPCOM 、 BANDAI NAMCO 的 2 个并列第 2 名。如以平台区分，则以 NDS 的 8 个最多，其次是 PS2 的 6 个、 PC 与 PSP 各 1 个。
独立制作部门 个人创作者各展创意
独立制作部门是针对由个人制作者主动投稿的未商品化游戏来进行评选分为大奖与优秀奖，大奖由九州岛大学大学院系统信息科学府的 Jolly9 所制作的手机游戏《 5 秒间的河童》获得，奖金 50 万日圆；优秀奖则分别由 PC 《 Cell_ 麻将》、 NGC 《 Blow Wind 》与 PC 《摩艾之巢》获得，奖金各 5 万日圆。
未来部门期待游戏榜 PS3 备受瞩目
CESA 并于 9 月 24 日东京电玩展闭幕后，公布了未来部门的现场票选结果，本次共有 11 款游戏获选为本届东京电玩展中最受期待游戏，包括 PS3 《GT赛车HD 》、《审判之眼》、《天堂之剑》、 Xbox 360 《蓝龙》、《失落的星球：极限状态》， PS2 《圣剑传说 4 》、《命运传说》、 PSP 《合金装备携带行动》、《怪物猎人 携带版 2nd 》、 Wii 《能源小精灵》、 NDS 《逆转裁判 4 》等。
本届展出中最具话题性的 PS3 ，本次共有 3 款由本家 SCE 制作的游戏获选，是获选游戏最多的平台；而以量少质精方式参展的 CAPCOM ，主摊位 4 款游戏就有 3 款获选，与 SCE 并列为获选游戏最多的厂商；任天堂 Wii 主机虽然没有参展，但是 KONAMI 的《能源小精灵》仍以专人示范方式获得参访者的青睐而获选；微软针对日本特别打造、现场反应热烈的 Xbox 360 《蓝龙》，也如预期般获选。
