微软的面向科学计算市场的Windows 版本已经显示出成功的早期迹象。
Windows Compute Cluster Server（CCS）运行在许多相互连接的计算机上。这类高性能的计算群集系统已经横扫超级计算机500强排行榜，但它们通常运行Linux，而非Windows。
在不到一年前发布Windows CCS时，微软努力在这一市场上找到一个立足之地，而不是直接挑战Linux，其策略是吸引使用小规模群集系统的客户。
Gartner分析师约翰说，我们认为这是一个其它公司尚未开垦的肥沃土地。当微软进入这一市场时我们持怀疑态度，但它的进展远远超出了我们的想像。
微软已经数次成功地进入“相邻市场”，例如，微软由操作系统软件进入了桌面软件市场，将Windows由桌面市场拓展到服务器市场。
南佛罗里达州Water Management District就是这种情况，利用Windows CCS运行着一个由5台服务器组成的中等规模的群集系统。它还一个规模更大的Linux群集，但它也在运行基于Windows的建模工具，这些工具能够被方便地移植到群集系统上。
Interagency Modeling Center项目经理Akin Owosina说，Windows群集系统比较适宜的另一个原因是，外部机构希望能够检查模拟结果，有时会自己运行这些模型，验证得出的结果。它们中的大多数都运行Windows 环境。
对于弗吉尼亚理工学院的电子和计算机技术教授拉赫曼而言，使用Linux群集系统就要求新的技能。他的组织在一个由16台服务器组成的群集系统上运行Windows CCS，用于进行交通和与癌症相关的分子建模方面的研究。
他说，我们希望仍然使用Windows环境，以便我们能够使用现有的应用软件，无须对研究生进行重新培训。他的学生使用Windows平台上的Matlab数学计算和数据处理软件。在桌面系统上运行的Matlab能够利用在群集系统上运行的Matlab进行复杂的计算。
微软对自己的工作给予了很高的评价。微软负责HPC营销的主管汉森说，我们承认，我们在这方面有更多的工作需要做，但在第一年中我们就取得了不错的进展。我们对自己取得的成就非常满意。
在HPC领域，Windows并非主流技术。Gartner分析师卡尔说，数十年来，高性能计算社区一直是Unix和Linux的天下。在大学的课程中也主要以Linux，Linux在高性能计算和群集中非常普及。Linux 群集系统的技术优势包括更成熟、更好的软件选择、更广泛的能力、得到证实的能够大规模运行的能力。
微软已经发布了Windows CCS SP1，用户能够“一下子”建立一个群集系统，而无须在各台服务器上安装软件。汉森说，更重要的变化将出现在CCS 2中。CCS 2将基于Longhorn Server，汉森没有披露微软会在何时发布CCS 2。
他表示，CCS 2将包含有“简化的开发、部署、运行、整合技术”，具体的改进包括网络软件和支持更大规模的网络。CCS 2还将对能够在多台服务器上并行运行的软件提供更好的支持。在软件中建立并行机制是计算机产业一直面临的一项挑战。
微软还与IBM 、戴尔、惠普、SGI结成合作伙伴关系，使客户能够更方便地购买到预装有该软件的群集系统。
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