2108年初，地球联合政府以“古姆病毒危机”为由利用“强化人”军事技术对亚瑟发动了第二次远征行动。
强化人在驾驶改进过的机甲进行实际战斗中发现，虽然机甲本身可以与他们的肉体神经产生共鸣从而使得机甲的抗性与强度增强，但电信号传控系统局限了他们对外界事物的反应，操控时机甲整体行动力也欠佳，因此达不到最佳的战斗状态。第二次远征一开始，月面静海基地机械动力学专家金士仁博士就致力于强化人型Xnail传控系统的研究。这期间，诞生过一系列过渡型机甲，虽然性能比原先优秀，但仍无法实现预期的效果，也因此被逐一淘汰。
随着战争兵器威力的不断增强，机甲与机甲间的对抗更为惨烈，双方的伤亡人数都呈直线上升。这时候，另一种强化人的改造技术出现，这就是在战争中被确定为身体死亡而脑细胞尚存活的士兵。通过手术对他的身体骨骼进行基因再造。所有的士兵在上战场前可与军方签下协议，一旦因为战争而被打成重伤，就可以被改造为强化人。改造完毕的强化人成为兵力的强有力补充，这原本也是基因计划的一部分。
2111年，二次远征战争第3年，神经网络系统Neural Network System（NNS）得到完善，这一技术很快被用在强化人机甲的改进上并产生了显著的效果。这种具备正反传输功能的智能化神经传控系统，超越强化人战斗时的脑部活动，直接将机师全身的神经系统与主控系统紧密相连，让机师的肉体组织与机甲的类人细胞产生和谐共鸣的同时进行身体神经适应控制。强化人机师最终可以依赖机甲本身迅速地处理来自外界的反射，至此强化人机师与机甲达到最高境界的融合。
亚瑟凭借地球与火星的距离因素，艰难的抵抗住了地球联合政府的第二次远征。在受到地球强化人Xnail的强势进攻下，亚瑟不干示弱， 致力于“基因技术”的头脑强化，（头脑强化的基因改造即改造为新人类）。2111年12月，亚瑟的头脑强化获得实现，以女性形体制造出第一批新人类Xnail，由此获得亚瑟广大军士的喜爱。军营中也逐渐多了些女性机师。从来都是男性机师占主导地位的局面被打破，更多的女性成为优秀的机甲战士。新人类Xnail 被立即投入战场，在“圣女战役”中，亚瑟以新人类机甲对抗地球的太空部队，基因改造的新人类虽然有着优秀的头脑，却缺乏强壮的肉体神经，新人类Xnail的主控系统不符合其自身特性，他们所驾驶的机甲在地球方钢铁巨兽的强化人面前不堪一击的，亚瑟军惨败。吃了败仗的亚瑟在第二年初开始进行新人类Xnail传控系统的研究。为着民族的生死存亡，“亚瑟”许多著名专家都介入该研究，纷纷拿出各自的设计方案。各式各样的增强型新人类Xnail研制出来，但仍旧没有一款是最令人满意的。地球太空部队的侵袭和民众舆论的压力越来越大。2112年11月，由文森特主持开发的脑波传控系统研究成功。“亚瑟”着手对增强型新人类Xnail机动兵器进行进一步改造。2113年9月最新型新人类Xnail机动兵器研究成功。这一型号的机动兵器将新人类的脑波反应速度提高到极至。亚瑟开始进入反攻阶段。亚瑟的反攻刚一开始，新的研究计划“合体机甲技术”也在地球同时启动。
亚瑟的新人类Xnail投入战场便将地球远征军维系了几年即将胜利的希望化为泡影，地球联合远征军的行动陷入被动。为打破僵局，2116年，地球联合远征军总部命令肖恩•哈萨上尉带领数架具有隐形功能的Xnail前往火星空间站拉西维亚,并出动秘密武器（合体机甲）成功偷袭了拉西维亚环形山脚基地地带，“拉西维亚”空间站是亚瑟最大的能源补给基地，驻军指挥官卡是当年离开地球远征军收编亚瑟军的卡迪洛•希尔。他带领基地各将领与前来的肖恩•哈萨的小分队正面抵抗。虽然偷袭计划获得成功，但主将肖恩•哈萨的红色战机却被击落滞留在拉西维亚基地。
亚瑟因此失去了一个很重要的军事重镇，其能源补给线被破坏，武器弹药损失惨重，直接影响到亚瑟的持续战争，亚瑟军对地球展开疯狂的报复行动。
同年5月，一颗小行星悄然地从星空中划过，忽然打了个转弯，离开原先的运行轨道，拖着一串长长的尾焰冲入地球大气层。人们还在熟睡中享受酣甜的梦，可怕的事情发生了。数万万人口的岛屿伴随黎明来临的钟声永远的沉入茫茫大海。当巨大的行星从天而降，繁华的都市显得微不足道。无人能阻止遥远的天边传来的一连串震天动地的声响。地震、海啸、冲击波、火光、烟雾如天魔巨兽肆无忌惮的席卷而来迅速湮没了整个酒泉岛，速度之快，让人来不及挣扎与呼喊。大灾难带来的恶劣天气持续了好几个星期，所有人在卫星转播上看到，当灾难平静之后，酒泉岛的位置留在眼前的只剩下一片汪洋。这场浩劫也将“秋明”帝国永远淹没在水底。所有人都沉默了！火星上的人为无辜殉难的同胞开始责难当局；那些曾经发誓要为宇宙和平奉献一生的地球军士，背负着远离家园、远离亲友的寂寞感再次变得茫然。多少年的战役最终以这场灾难来结束。在面对亲人的悲痛，面对死难者的哀悼声里，许多人看清了历史、看清了未来。
因为秋明帝国的灭亡，大国重新组建联合政府，包括企业国在内的中立国家也成为联合政府的一分子。2117年春，亚瑟凭借头脑强化技术以彗星撞毁地球链状列岛的威慑力，迫使地球签署了停战协议。
战争结束了！地球与“亚瑟”间实现了通讯、通航，实现了贸易往来。史学家们评论，天下熙熙，皆为利来，天下嚷嚷，皆为利往，只要利益存在，国与国之间赤裸裸的关系就会在政治与军事冲突中裸露无疑。当你回头看这些年的战争，你会发现，真理已经模糊，有人不知活为何意，有人却虽死尤荣。
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