《怪物猎人3》将是《怪物猎人》系列回归原点的一款作品，游戏开发者将其看作是以新的思路开发的游戏新作。PS2的《怪物猎人2》沿用的是游戏初代的系统以及开发思路，而登陆Wii平台的《怪物猎人3》则将开拓新思路，给予玩家完全不同的狩猎体验。
《怪物猎人3》中猎人们最初所在的舞台是全新的“孤岛”，这里四周被海洋包围，猎人们不仅可以在岛上狩猎，也可以进入水中狩猎水下生物。在水下猎人和怪物都可以进行全方位移动，而猎人在水下时将会有呼吸困扰，会有一个类似于陆地上体力槽一样的呼吸槽随时间而逐渐减少。虽然在水下猎人的移动范围更加自由、广阔，但是基本操作并非与陆地操作完全不同。猎人们可以在水下杀死鱼类等生物获取素材，本作中在探索漆黑的洞穴时可使用火把道具。
