IBM超级计算集群 助美国乔治亚理工学院加快药物研发

互联网 | 编辑: 2006-02-23 12:35:00原创

     IBM和乔治亚理工学院日前宣布，世界上最强大的超级计算集群之一将落户乔治亚理工学院新建成的系统生物学研究中心。
     该中心将使用IBM技术来推动新药物的研究，治疗当今一些对人类生命威胁最大的疾病，包括癌症。中心的研究工作将由世界领先的系统生物学家之一Jeffrey Skolnick博士领导，他曾在计算系统生物学领域获得乔治亚研究联盟杰出学者奖。
     由美国乔治亚州、乔治亚研究联盟和美国国家健康协会出资850万美元成立的这一新系统生物学研究中心，将Skolnick博士的生物医学研究的专业知识与IBM的高性能计算功能融合在一起，开发出一台全新的超级计算机。这个运行Linux的全新超级计算集群将是全球运行速度最快的超级计算集群之一，也是美国东南部研究型大学最强大的计算集群之一。该集群将由BellSouth公司设在亚特兰大市中心的世界级设施来托管运行。
     Skolnick博士表示：“通过在研究工作中使用IBM技术，我们可以显著缩短新药物进入市场的时间。系统生物学将数学、物理、化学和生物学与先进的高性能计算和工程设计融合在一起。生物信息学和系统生物学使我们能够充分利用人体基因序列提供的大量信息，使得药物开发人员能够将他们必须进行筛选的化合物数量减少十倍。”
     由1000个节点组成的Cluster 1350系统基于IBM BladeCenter刀片系统，采用双内核AMD Opteron处理器，每秒钟可完成超过8.5万亿次计算。如果按照2005年11月的TOP500排名，这样的性能在世界最强大的超级计算机中可以排到第41位。系统性能和可扩展性将使学校的学生和教员能够快速准确的分析复杂的DNA和蛋白质，以确定有关人体癌症基因和蛋白质的生物学和化学过程，从而为治疗这类疾病研发出更具针对性的药物。
     IBM BladeCenter刀片服务器副总裁Doug Balog表示：“现今的大学正在寻求最快、最具创新性和性价比最高的系统来帮助自己的知识群体，使其能够将具有可行性的研究成果转化到商业市场。使用基于AMD Opteron LS20 IBM BladeCenter刀片服务器的Cluster 1350系统，乔治亚理工学院的学生和教师可以获得足够的处理能力和系统资源来帮助他们在研究中做出更准确的决策，并提升学院在全国最出色研究机构中的形象。”
     乔治亚研究联盟主席兼首席执行官Mike Cassidy表示：“只有最了解技术的大学才能够参与药物发现和生物信息学领域的竞争。乔治亚理工学院对顶级技术和研究设施的重视以及Jeff Skolnick博士和其它世界级学者们的魅力，将会提升学院在竞争性市场中的表现，并吸引美国最聪明的学生加入到我们的研究团队中，共同推动药物开发，从而改善人们的生活。”
     通过与乔治亚理工学院和IBM的紧密合作，BellSouth为支持这一高能耗密度的超级计算集群设计了独一无二的可靠的主机托管环境。
     BellSouth公司首席技术官Bill Smith表示：“基于我们在主机托管领域的背景，我们拥有足够的灵活性和经验快速创建一个支持乔治亚理工大学和IBM的解决方案，从而为Skolnick博士创造性的研究工作提供支持。”
新超级计算机的峰值性能超过每秒钟16万亿次浮点运算（16 TeraFlops），由一个包括1000个采用AMD Opteron处理器的LS20刀片服务器节点的集群组成。基础架构节点运行Red Hat Linux 4操作系统，计算节点上运行Scientific Linux操作系统。这样的超级计算机结构组成了可以预先安装和测试、拥有超高密度并易于管理的超级集群IBM Cluster 1350。
     AMD全球商业业务部副总裁Kevin Knox表示：“AMD64技术提供了对运行有最高要求的超级计算机所需的处理能力，而且不会牺牲每瓦特电力的性能效率。通过与IBM在基于AMD Opteron处理器的BladeCenter刀片服务器集群上的紧密合作，我们相信乔治亚理工学院的研究人员将获得更好的设备，在苛刻的时间限制下完成工作，以更快的速度为市场提供重要的药物和研究成果。”
     另外，IBM提供的技术还包括28TB的IBM DS4800存储系统和20TB的IBM DS4100存储系统，以便存储大量的研究数据并提供灾难恢复备份能力。除此之外，IBM BladeCenter中还集成了Force10 TeraScale E-系列交换机/路由器，这些交换机和路由器可以提供弹性互连，能够支持可预测的集群性能和可扩展性，这样，乔治亚理工学院将可以对集群进行无缝扩展。
     Force10 Networks公司总裁兼首席执行官Marc Randall表示：“网络弹性是确保计算过程不被中断，以及研究人员获得可靠计算能力以支高效分析大量数据的关键。IBM提供的领先的服务器技术与我们领先的交换机/路由器相结合，实现了单一的高性能集群解决方案，从而为系统生物学研究中心这样的机构提供了进行先进科学研究所需要的计算能力。”
     另外，这一解决方案还包括了产品代码为“酷蓝[Cool Blue]”的IBM散热系统（IBM Rear Door Heat eXchanger），这一技术组件可以使用现有的冷却水源来支持大部分客户数据中心内部已经安装的空调系统，最多可将服务器排放到室内的热量减少55%。乔治亚理工学院已经在12个机架上安装了“酷蓝”，它不仅降低了噪音，而且减少了现有空调系统的负荷。这种散热系统最多可将首次安装成本降低40%，同时降低近15%的能源成本。
     新的集群解决方案帮助提高该研究中心的数据中心的总体性能，同时降低了总拥有成本。另外，系统的速度和灵活性也缩短了研究项目完成时间，研究中心因此而能够有更多的时间拓展药物科学和医疗领域的更多商业机会。

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