1995年9月，台湾推出一款文字网络游戏（MUD）《东方故事2》，根据地堡类国外网络游戏改编。当时的方舟子还在海外留学，没事的时候就上去玩。“觉得这个游戏有很多神神道道的东西，带了许多巫术，不是纯粹的武侠”。
几个月后，方舟子在里面也认识了许多人，于是干脆想做个纯粹的武侠游戏。这时，里面有几名玩家群起响应。最终五人团队成型，其余四人分别是翔少爷、时空、丁、草鱼。因为方舟子手上有几本金庸小说，于是由他来写策划书。《侠客行》这个名字则据说只花了一分钟时间就想到。
1995年11月，《侠客行》的策划书被这个小团队贴在了当时全球唯一一个中文站点ACT（alt Chinese text）上，这个类似《东方故事2》，但更多是参考金庸故事的新MUD游戏引起了留学生的兴趣。迄今为止，这份策划书依然可以在网上找到。
5个人分工开始写程序。系统是用开源系统搭建的，翔少爷与方舟子写全局，时空和方舟子编写了第一个城市扬州城和第一个门派武当派，翔少爷编写了丐帮，丁编写了华山村和第一个谜团，草鱼编写了星宿派。
两个月后，《侠客行》正式上线。这一年，方舟子28岁。
随后的时间里，《侠客行》在两条线上飞奔。一方面，《侠客行》在中文世界里取得了巨大的声誉，并在后来的时间里极大地影响并推动了网络游戏的发展。但另一方面，《侠客行》内部也很快陷入了纷争，并导致了最终的衰败。
游戏推出后，服务器一开始放在加拿大的大学中，有些教授与学生免费提供服务器支持。但很快人数激增，1996年时，《侠客行》在线上搞了次华山论剑，当时1000多人同时在线，服务器无法承受，于是几个人开始筹划更换服务器。
同年5月，服务器换好了，也因此发生了件令人沮丧的事情。因为忽略了安全的因素，服务器被其中一名玩家黑掉，将其中的程序全部拷贝。
这名玩家方舟子还认识，因为《侠客行》出来后被许多人模仿，部分玩家也也想改编一下古龙和西游记成为MUD游戏，被拷贝的源程序正好可以帮上大忙。
很快团队就发现了这个问题，警告了这名玩家。担忧之下，玩家将所有文件都公开在一个站点上供大家免费下载。到了1996年下半年，类似的游戏就已经遍地开发了。期间，源程序也传入国内，部分校园开始改写类似的游戏。
到1998年，方舟子回国，一次曾在东莞的网吧里查询资料，发现机器上居然有《侠客行》。当时开心的很，他告诉网吧老板这款游戏是他参与制作的，老板听后立刻崇敬地看着他，追问有没有练功秘笈。后来，“老板还拿了瓶矿泉水请我喝，不收我的上网费。”方舟子笑着回忆。
当时的《侠客行》自己在国内推广上做了些工作。如在1997年为国内玩家设立镜像服务器，到了2000年左右，《侠客行》在内地的镜像服务器增至10多个。
《侠客行》也为中国的网络游戏事业培养了第一批从业者。后来有个媒体名单曾列出了一长串从《侠客行》走出来的网游企业高管名单。这是后话了。
能和《侠客行》流传速度比拼的，是内部的动乱。
就在96年5月更换服务器前后，方舟子和几个创始人因为工作变动，只留了一人看顾游戏的发展。因为人手的关系，这名创始人从玩家中提拔了几个人手，赋予了很大的权限来协助管理。
游戏中的管理员号称为“巫师”，级别分为天帝、大神、神仙。问题就出在了权限上，后进入的巫师与其他创始人之间并不熟悉，但权限却都与天帝平齐，都能修改程序。由于相互之间不统一，常常这人增加了某个功能，那人很快就取消掉了。混乱的权限引起了玩家的不满，也让系统处于极度不稳定中。
几个月后归来的方舟子认为有必要整顿下巫师队伍，收回部分权限。但这又引起了巫师队伍的不满。因为后进的巫师并不熟悉前面几个创始人，加上又是义务在帮忙。到1997年10月，方舟子发出了一个备忘录，就权限问题再度和各站的巫师们进行了沟通，但似乎没有效果。
到了后来，巫师们已经开始自建小团队，排斥了创始人们，甚至到了机器密码修改，都不再告诉创始人的地步。
方舟子回忆，冲突的本源应该在理念上。创始人曾达成默契，不让《侠客行》商业化。一是涉及到版权，金庸就曾公开提及不会去干涉非商业化的网络运作，商业化则需要经过授权同意。二是因为程序，一开始采用的开源程序也不允许商业化运作。
事后媒体报道的董晓阳，正是新晋的巫师之一。他则一直希望能将《侠客行》商业化，并为之不断努力。在2000年董晓阳回国，随后注册了侠客行公司，希望将《侠客行》商业化、图形化，但因为版权问题而最终受阻。
理念冲突不会因为不理或不说话就消失掉，相反依然在继续。1997年5月，心灰意懒之下的方舟子，宣布退出《侠客行》。10月，方舟子发表声明，宣布只要在不商业化的前提下，任何人都可以任意使用、改写《侠客行》，任何人都无权垄断《侠客行》的使用、开发或商业化。2001年12月，方舟子再度重复了这一声明。
此后，方舟子不再看《侠客行》，也没有再看其他网络游戏。
2000年，《万王之王》上市，中国网络游戏市场正式进入图形化的年代。
2008年6月，有《侠客行》曾经的巫师，现某网络游戏高管致电方舟子，邀请他重新出山，被婉拒。
《侠客行》从此走入了尘封的历史。而方舟子则在另一个领域成名。
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