作为“十五”期间国家863计划“超大规模集成电路专项”中最大笔资金投入，方舟科技（北京）有限公司（下称“方舟科技”）“方舟三号”项目获得了科技部划拨的1538万元资金。
5月25日，有知情人士向本报记者透露了有关“方舟3号”资金去向的诸多疑问。
据该人士透露，今年年初，全球最大的电子设计自动化(EDA)软件工具领导厂商美国Synopsys公司(Nasdaq:SNPS)，曾通过外交手段向政府有关部门投诉，称方舟科技使用的EDA软件涉嫌盗版侵权。该人士称，最终此案由政府有关部门出面，达成了和解。
“这说明至少在相当长的一段时期之内，甚至连用于设计芯片的工具软件，方舟科技都没有为‘方舟3号’购买，而单就这一项，方舟科技向‘863计划’申报的预算就接近400万元。”该知情人士据此认为，挪用了软件工具采购费用的方舟科技，在“方舟3号”的项目资金使用上“很有问题”。
到目前为止，记者从4个相互没有关联的业内人士处得到确认，Synopsys公司确实向中国有关部门投诉方舟科技侵权的消息。但截至记者发稿时，尚未得到Synopsys公司的官方回应。
与此同时，亦有接近“863计划”工作组的人士向记者透露，方舟科技在预算中曾有高达700万元的量产流片费用，“虽然一次流片通常的费用都在200万元左右，但‘方舟3号’并没有批量生产，仅仅只是做了工程样片的流片，而且也没有经过大量测试，这样的流片费用大概在几十万元左右，与几百万元的流片费用相差甚大”。
另外，在记者辗转得到的一份2004年12月份的方舟科技公司财务报表显示，该公司当月的总工资开支为102.5万元。其中，工程部与市场部的普通员工总工资为67.5万元；6位行政人员（包括一个行政副总）的总工资为3万元；剩余的32万元左右，则属于方舟科技CEO李德磊等三名高管的薪金。
上述接近“863计划”工作组的人士分析，方舟科技的高管薪金明显高过国内半导体行业平均水平。
按照科技部有关科研资金使用的相关政策规定，用于工资、劳务费、单位提成等方面的资金，在事业单位不超过5%，科研转制企业不超过10%，企业单位不超过15%。显然，按此比例，作为企业的方舟科技在“方舟3号”中最多能用于工资等方面的资金不能超过230万元。知情人士提醒记者，在2004年之前，方舟科技几乎没有从市场上获得大额订单，销售收入十分有限。
不过，亦有前方舟科技员工向记者表达了不同观点。
这位曾经参与了“方舟3号”测试的前员工向记者证实，2005年年初，为了通过863专家组验收，方舟科技为“方舟3号”所做的少量工程样片当中，根据他的亲手测试，有个别芯片的实验室数据——0.18微米工艺的CPU内核的确是可以跑到400Mhz的。
“我想说的是，方舟CPU的问题跟汉芯是完全不同的性质。而且，能够做出这样的东西来，公司是花了大量精力的。”他说。
这位员工同时认为，如果方舟科技真的中途放弃了对方舟3号的研制，“那也是情有可原的，你不能要求一个商业公司，对一个市场反应冷淡的产品一直投入下去，那本来应该是高校和研究院去做的事情”。
5月26日下午，记者再次联系方舟科技采访。一位拒绝透露姓名和身份的男子再次回绝了记者，并表示方舟科技不会做任何的回应。
但在26日闭幕的中国科协第七次全国代表大会上，关于国家划拨科技资金的使用如何监管亦成为与会代表讨论的焦点。事实上，国家科技基金投入的回报率低，一直是业界诟病的话题之一。有代表建议，对一些与市场结合紧密的研究，可以将资金交给专业的基金管理公司运作，并由其进行专业监管，政府还可以从中获取回报。
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