艾瑞研究发现，对安全问题的担忧是阻碍电子银行发展的主要因素，这也是通过国内外大量事实证实的，目前在网上银行的安全机制建设上主要存在以下问题：
安全技术标准不统一
网上真正有效地发挥作用，技术标准是一个很关键的问题。我国由于各商业银行在金融电子化的起步阶段就采取各自为政的方针，造成了目前各金融机构的系统没有统一的技术标准。这样，不仅造成了不必要的重复建设和资源浪费，而且使网上金融的整体服务效率比较低下，这将阻碍我国网上银行的进一步发展。
认证中心缺乏管理
目前各认证中心存在重复建设、所发证书互不信任、信任域狭小的问题。既造成巨额资金浪费又可能形成网络割据，形成数字鸿沟，危害电子支付系统发展。因此，认证中心的建设与管理需要更高级的统一和协调。
现有监管方式滞后
中央银行对商业银行现有的监管，主要针对传统银行。重点是通过对银行机构网点指标增减、业务凭证、报表的检查稽核等方式实施。而在网上银行时代，账务收支的无纸化、处理过程的抽象化、机构网点的虚拟化、业务内容的大幅增加，使得现有监管方式在效率、质量、辐射等方面大打折扣。
艾瑞市场咨询分析认为，尽管网上银行具有方便、快捷的服务优势，但毕竟服务平台是建立在互联网的基础之上的，广大网民对其安全性一直存在担忧，因此目前网上银行的安全性问题成为其业务继续普及和深入发展的最大瓶颈，想要突破这个瓶颈，除了银行自身以外，网上银行的各参与机构还需要进一步的重视和合作。
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