木马隐匿并且试图联系控制端
木马也可以通过Script、ActiveX及Asp.CGI交互脚本的方式植入，由于微软的浏览器在执行Senipt脚本存在一些漏洞。
攻击者可以利用这些漏洞传播病毒和木马，甚至直接对浏览者电脑进行文件操作等控制。前不久献出现一个利用微软Scripts脚本漏洞对浏览者硬盘进行格式化的HTML页面。如果攻击者有办法把木马执行文件下载到攻击主机的一个可执行WWW目录夹里面，他可以通过编制CGI程序在攻击主机上执行木马目录。此外，木马还可以利用系统的一些漏洞进行植人，如微软著名的US服务器溢出漏洞，通过一个IISHACK攻击程序即可使IIS服务器崩溃，并且同时攻击服务器，执行远程木马执行文件。
当服务端程序在被感染的机器上成功运行以后，攻击者就可以使用客户端与服务端建立连接，并进一步控制被感染的机器。在客户端和服务端通信协议的选择上，绝大多数木马使用的是TCP/IP协议，但是也有一些木马由于特殊的原因，使用UDP协议进行通讯。
当服务端在被感染机器上运行以后，它一方面尽量把自己隐藏在计算机的某个角落里面，以防被用户发现；同时监听某个特定的端口，等待客户端与其取得连接；另外为了下次重启计算机时仍然能正常工作。木马程序一般会通过修改注册表或者其他的方法让自己成为自启动程序。
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