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HIV病毒研究是各国科学家都非常关注的一个重大课题，对它的分析研究往往需要进行大量高密度的计算。计算机的性能和可靠性对研究进展起到了非常关键的作用。2005年7月，云南大学的科研人员在新引进的曙光4000A超级计算机上进行了HIV 病毒gp120 糖蛋白分子动力学模拟实验，运算时间从以往通过单机需要一星期缩短到了13个小时。
西陲名校的困惑
位于中国西陲的云南大学已经拥有了80余年的历史，是国家“211工程”重点建设的高校之一。随着教学科研工作的不断深入，各学科对大型、密集、高性能计算的需求与日俱增，材料科学、信息科学、数理化、生命科学、地理和大气科学的科研人员都急需一个能提供高性能计算服务的平台，而分散在各学院和实验室的现有计算资源都无法满足如此大规模的计算需求。
为了解决这一矛盾，云南大学从 211建设经费中划拨出了专款，要建一个高水平的高性能计算中心！这一中心不仅要能实现高速网络环境下多种计算资源的有效聚合与充分共享，为各学科提供高性能计算服务，而且要为云南省重要领域的大型计算软件开发提供支撑，并逐步形成多学科交叉和创新研究的平台。
上海超算的启示
上海超算采用中国最快超级计算机10万亿曙光4000A成功部署国家网格和上海信息服务平台的做法在国内外引起了广泛的关注，也同样成为云南大学的参考样板。云南大学的领导在对上海超算和曙光公司进行实地考察，并在曙光技术支持部的高性能计算测试实验室中进行软件测试后，一个采用曙光4000A搭建高性能计算中心的蓝图开始萌生。
2005年9月，云南大学高性能计算中心正式成立，新引进的曙光4000A也开始投入运行。这套基于机群架构的超级计算机系统采用了96颗AMD皓龙处理器，配备了192GB海量内存和2044GB外部存储，峰值计算速度达到了每秒 3840 亿次，在11月公布的2005年中国高性能计算机性能TOP 100排行榜中，排第89位。中心通过采用国际标准超级计算机性能测试标准 HPL 程序对曙光4000A进行了 Linpack 测试，系统 Linpack 运算与峰值比为 75.83% ，比上海超算曙光4000A 还要高出近4个百分点。
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