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随后，WGT2006华硕-ATI魔兽争霸校园锦标赛南京赛区总决赛正式开始。第一轮比赛的对阵形式是：河海大学的叶正VS南京理工大学的杨斌，南京航空航天大学的陈汉奇VS河海大学的王俊。经过激烈的鏖战，叶正和王俊两名河海大学的选手最终会师1/4决赛。
第二轮比赛的对阵形式是：东南大学的缪缪VS南京航空航天大学的叶奇，南京理工大学的曹辉VS东南大学的董仲凡。其中缪缪和叶奇的这场比赛好戏不断，精彩连连，引得现场观众的阵阵掌声。结果叶奇和董仲凡击败各自对手晋级下一轮，由于南京理工大学的两名选手先后出局，现场遗憾的叹息声不绝于耳。
第三轮比赛的对阵形式是：河海大学的叶正VS河海大学的王俊，南京航空航天大学的叶奇VS东南大学的董仲凡。虽然没有的主场的选手参与，但是精彩的比赛还是让观众们大饱眼福。
最终，河海大学的王俊和东南大学的董仲凡夺得了前两名，他们不仅赢得了丰厚的赛区决赛将品，而且将代表南京赛区参加5月份在北京举行的WGT2006华硕-ATI魔兽争霸校园锦标赛全国总决赛。我们将继续关注他们的优秀表现。