ERP系统实施设计完成后，将进入系统试运行阶段，然而在系统的运行过程存在着数据、转换、二次开发、制度、安全等风险。我们必须对这些风险加以控制，来保证ERP系统的安全顺利运行。
一、提高数据的准确性与合理性
据经验统计ERP系统的实施是“三分设计、七分管理、十二分数据”，由此可见，数据在ERP系统实施过程中的重要性。所以企业在运行ERP时，要做好数据收集、数据输入、数据处理等工作，保证数据的准确性与合理性。
1.做好数据输入人员的合理分工
由于系统初始化的数据量和种类非常大，如果让一个人或几个人来完成可能会造成数据输入的混乱，为此我们必须在数据输入前做好严格的、合理的人员分工，保证数据输入工作更加有条不紊。比如按照财会、材料、固定资产、生产、库存、订单、供应商、销售、客户等进行合理的分组与组内分工。
2.保证数据收集的准确性
基础数据输入的准确与否是决定系统实施成败的关键，数据正确性包括两方面的含义。首先，收集到的数据本身必须是正确的(即数据来源是正确的),否则会造成“垃圾进、垃圾出”的数据处理有效率无效果现象；数据本身的正确性更多的依赖于企业各部门数据收集人员,他们应当保证上交数据是正确的,没有遗漏、重复,也没有过时、失实的数据。其次在把收集到的数据输入系统的过程中，不能引入任何附加的错误。避免任何输入的附加错误，应采取 (1)定义关键的数据元素，如物料代码、工艺路线、物料清单等。(2)在数据输入系统前，将系统的信息需求与信息使用者的需求进行核对，使每个人提前知道什么信息时可用的、报告是什么样子。(3)定义系统的全部信息和信息来源，识别关键信息与非关键信息。(4)对经常变化的数据，必须在系统内实时反映其变化情况。 (5)建立一个相对合理的数据输入的逻辑顺序，避免正确的原始数据由于数据的逻辑输入不正确造成严重的数据附加错误。
3.保证数据输入的格式
在数据输入前，我们根据公司的实际情况已经设置了相当合理的代码体系和数据格式，为此我们在数据输入时应严格按照数据的格式进行，选择合适的数据格式（比如EXCEL数据格式）转换程序，以保证数据的完整与一致性，便于数据的核对，减少数据的输入错误，提高数据输入的效率与正确性。
4.保证数据关系安全性
ERP系统数据间关系非常复杂，除了由关系型数据库系统强制实现的各种数据库级的关系外，还有许多由系统的应用程序来保证的应用程序逻辑(例如一种原材料必须具有一个预先指定的存储该类材料的仓库;一个人员必须具有一个预先定义的该人员所属的部门类)。无论采用何种办法，任何输入系统的数据必须同时满足这两种限制条件，否则可能对系统产生不可预料的后果。
5.做好数据格式设计与数据输入的人员沟通与部门协调。
高效率的ERP系统所需的数据来源于企业生产第一线，因此数据的收集在很大程度上依赖于企业的第一线人员。因此应该在与一线人员充分交流与沟通的基础上设计出他们能够理解和操作的合理数据格式和数据表，供他们收集整理数据之用。同时ERP系统又跨若干个部门，系统所需要的数据来源于各个部门，同时这些数据之间具有一个的逻辑关系。为了做好数据的收集与输入工作，保证数据输入的高效率，必须做好各部门人员的沟通与协调工作，并运用各种激励措施提高相关人员的积极性，以实现数据输入的一致性和完整性。
二、建立完善的系统试运行内部控制制度
保证ERP系统的正常运行是一个复杂的系统工程，我们应该根据企业的实际建立起完善的系统试运行内部控制度。
1.建立健全的ERP岗位责任制
建立ERP岗位制度，要明确每个工作的职责范围，切实做到事事有人管，人人有专责，办事有要求，工作有检查。ERP岗位设置可以根据企业的实际情况按照不同的思路划分为不同的岗位。比如可以把工作岗位分为基本职能岗位和ERP系统岗位。其中基本职能单位可以设置为销售、生产、库存、采购、财务、出纳、稽核、产品开发、物流、投资、战略等岗位。ERP系统岗位分为直接管理、操作、维护ERP系统及计算机软、硬件人员等。各企业可以根据内部牵制制度的要求和本单位的工作需要，在保证数据安全的前提下交叉设置岗位，各岗位保持相对合理与稳定性。
2.建立ERP操作管理制度
通过ERP操作管理制度的建立，明确规定上机操作人员对ERP软件的操作工作内容和权限，对操作密码的严格管理等，杜绝未经授权人员操作ERP软件；预防未经审核的各种原始凭证输入系统；操作人员离开机房前，要执行相应的退出命令；根据本单位的情况，由专人保管必要的上机操作日记，记录操作人、操作时间、操作内容、故障情况等内容。
3.建立计算机硬件、软件和数据管理制度
建立硬件、软件和数据管理制度的建立，要经常对有关设备进行保养、保持机房与设备的整洁等措施保证机房设备和计算机正常运行；确保ERP数据和ERP软件的安全保密，防止对数据和软件的非法修改和删除；对有关磁性介质数据进行双备份，并且存放在不同的位置；对ERP软件更换、修改、升级和硬件设备进行更换时，要有一定的审批手续，并由有关人员进行监督，以保证ERP数据的连续和安全；健全硬件和软件的定时维护措施和有关防治计算机病毒、黑客等入侵的措施。
4.建立ERP档案管理制度
通过档案管理制度的建立，实现对ERP数据档案的管理，并由专人负责；做好ERP数据的防磁、防火、防潮和防尘等工作；对重要的ERP档案进行双备份，并存放在不同的地点；实现对磁性介质档案的定期检查与复制，防止磁性介质的损坏而使ERP数据丢失；同时对有关ERP开发设计有关的档案资料也要进行保管。
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