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虚拟机泛滥
最初，虚拟化只是整合物理服务器的好方法，并因此减少电源需要和发热量。但是由于部署虚拟机的方便性，企业可能发现在减少物理设备数量的同时，需要管理的虚拟系统数量呈爆炸式增长。
IDC项目主管John Humphreys说：“这里的最大问题之一是虚拟机的泛滥。我们一次又一次地看到这种现象：比如，虚拟化之前拥有500台服务器、每台服务器上运行一个系统的客户，在虚拟化之后突然发现他们将会管理700个虚拟机系统。”他说，避免这种虚拟机泛滥的最好办法是规划虚拟机生命期。
许可费用
正如公司与ISV就多核服务器的软件许可费用讨价还价一样—这些厂商的软件根据使用的CPU数量来设定许可费用，在涉及虚拟环境下的软件许可费用时，他们也会遇到麻烦。Gartner研究副总裁John Enck说: “软件许可证可能成为障碍。你可能打算在一个大型虚拟化服务器上运行一个应用，但许可证可能适用于这台机器中的物理处理器内核数量。因此，如果你将这种应用从一台两路服务器转移到四路虚拟化服务器上，你的软件许可证费用可能会增加—即使该软件只使用虚拟环境中的两个处理器。”
存储问题
由于很多虚拟化候选者运行在分布式x86系统上，因此很容易忘记更加集中化的虚拟资源架构可能造成的影响。例如，对存储应当加以密切关注，因为在很多情况下，虚拟资源将访问共享存储区域网络(SAN)。
Xcedex的Payne说：“一些公司可能购买某种存储阵列，他们可能没有考虑VMware环境将给存储阵列带来的工作负载，结果这个存储阵列不能应付工作负载：太大的吞吐量，太多的I/O。如果存储阵列瘫痪并给SAN造成问题，每一台虚拟机都将受到负面影响，也就是说它们可能会崩溃，或者可能会被破坏，这将是一次真正糟糕的经历。”
国家半导体的Seif说，存储问题应当成为规划虚拟环境时优先考虑的问题。他说，SAN存储“对于取得业务连续性和灾难恢复的好处是必不可少的，它保证了转移工作负载来优化正常运行时间和性能，以及更好地控制主机上的客户机规模。由操作系统、软件和本地服务器硬盘上的数据转移到SAN的存储量会迅速增加，对于我们来说，每台主机存储容量为40GB。如果没有可靠的分级存储战略，增加的存储量会很快地吞噬非常昂贵的SAN存储。”
虚拟障碍
在AMD和Intel服务器并肩运行在很多数据中心的情况下，一些公司可能认为虚拟机可以跨任何x86硬件平台移动，但事实并不是这样。IDC的Humphreys说: “人们想方设法解决的问题是‘当我移动这些虚拟机时，我必须采用类似的硬件吗?’”
VMware产品与解决方案营销副总裁Raghu Raghuram表示，目前，VMware虚拟机不能在基于Intel和AMD的系统之间移动。他说: “我们的vmotion技术使你可以将运行的应用程序从一台物理设备转移到另一台上，但这些设备中的处理器必须是相同的，因此你可以从AMD转移到AMD，或从Xeon转移到Xeon。这是由于处理器架构存在的差异以及某些指令的行为造成的。这是个需要更长时间才能解决的问题。”
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