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各式各样的等待名单
目前,越来越多的具有挑战性的项目正排队等待使用LRZ的国家超级计算机系统。
这个新的Altix资源随时准备着去帮助科学家和研究人员们去研究液体紊乱的特性和通过多孔介质的流量、流和可变形组织的交互作用、声波的产生和传播、高温超导电、研究根据形态表现出存储记忆效应的材料、分析燃烧和接触过程中有关的化学反应、地震波和地震的传播、以及研究基因序列、结构与蛋白质功能之间的关系的蛋白质组学讨论。
在申请使用LRZ系统的候选者之间,对所有这些项目都经过认真公平的评审。这些研究人员将使用一个有着非凡装备的资源。除了它的4096颗处理器和17TB的内存之外,该系统还采用了300TB的光纤通道磁盘存储器,直接连接到分区上,从而能够快速重复存储和访问仿真运行的公用数据。该系统通过一个10GB的以太网网络与德国科学网连接,通过合适的高度网络带宽与欧洲国家超级计算中心的DEISA小组连接。
第一阶段的实施工作是运行在单核Intel Itanium 2处理器上,而第二阶段的完善工作(内定为2007年夏季)包括升级到双核Intel Itanium 2处理器、增加到40TB内存、以及实现存储容量的加倍。在第二阶段的工作完成之后,实际的应用性能预期将提高近一倍。
虽然这个SGI系统的部署是巴伐利亚州和德国自己,但是LRZ将这个超级计算机视为一个国际性的资源。
“与以往的HPC基础设施相比,在体系结构、通用性和面向用户的性能方面,LRZ的新超级计算机都具有明显优势,”LRZ董事会主席H.-G. Hegering博士/教授说。“它让LRZ能够提供一个从桌面到顶级HPC系统的统一的计算环境。通过为德国提供世界一流的计算性能,这一强大的新资源将提高该地区的竞争力。实际上,有了这一新的SGI Altix 系统,我们就能够角逐于欧洲超级计算系统的竞争。”
LRZ的真实实验场
2004年,德国顶级的计算专家们开始着手挑选将来能够成为德国的国家超级计算机的计算机。由LRZ领导的这个小组认识到性能的理论峰值对系统用户将面临的日常工作的影响非常小。
因此,LRZ建立了一套基准测试来为其超级计算机的挑选工作提供根据。这些测试被设计为表现系统上可能运行的程序的混合,设想可以可靠地预测出实际用户将从每个被测系统中获得的稳定性能。
该测试组包括一个大涡(Large-Eddy)模拟(流体动力学、CFD,使用传统的离散化方法):一个Lattice-Boltzmann应用(CFD,使用粒子碰撞的新方法):一个量子色动力学应用和三个天体物理学、高能物理学和量子化学程序代码;用来测试并行应用程序中大量使用的循环结构和标准库程序的各种内核基准测试(例如傅立叶分析和矩阵乘法)。测试既适合于使用MPI的分布式内存体系结构编写的应用程序,也适合于使用OpenMP的共享内存体系结构编写的应用程序。
当测试结束时,一个系统被证明优于其他所有系统。“SGI的NUMAflex平台在6项应用程序基准测试中的5项里,获得了所有被测系统的最高性能。并且在总体性能的累计方面遥遥领先,”
LRZ的Matthias Brehm博士回忆说。“我们还检查了内部通信和I/O性能。在这些方面,SGI Altix再次证明了自己是一个一流的平台。SGI机器在整个基准测试组合方面都最具竞争力。它具有非常好的扩展性,并且预留了非常灵活的使用性。”
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