某天，晋升为地球连邦军少尉的〔古罗德〕，终于接到他第一个任务．在惑星〔密诺基尼亚〕的谜之能量被发现后。为了调查此事，古罗德就和派遣队向宇宙进发。他以父亲〔洛尼基斯〕提督的护卫身份乘上战舰。
正章中间剧情
及后众人来到利加村旁的圣地〔山〕，在其中一处获得所需的药草．回去将药草交给博马，跟著他便连同众人到语言学者的大屋，成功将古文书交给语言家翻译，但却要等待一段时间。这晚各人留在博马家处休息〔如先前没有收佩莉斯，那么这时博马就会加入〕。翌日众人回拉古路城逛逛，到达后发现人影飞散，门前士兵说艾路王国已被攻陷，魔物军团正向著这里攻来，大部分市民已到城里避难。于是众人也来到城中，在右下方的研究室会看见国王他们正在讨论对策，一不小心被发现了，捉了出盘问。解释一切后，由于强力武器粒子炮欠缺能量原料，于是便叫众人前往可夫马遗迹采掘，利安亦加入一同前往。
到比路多港乘船〔带备多些药草〕，不一会便到达雪地。上岸后进入中间的可夫马遗迹。两人合力开启大门，进入遗迹内部。乘升降机落下地底，此迷宫相当大，请各位认清方向．途中要不断引爆炸药来开辟道路，在尽头处会发现能量原料，但是ＢＯＳＳ从头上降下〔小心他们的雷系魔法〕。战胜后成攻取得能量原料，原路走出遗迹乘船回港〔这时乘船回古洛斯大陆，在马殊村进行ＰＡ会发现佩莉斯正与人争论，而到古洛斯城的教堂则会看见博马在约女孩〕。回到拉古路城后，利安便立刻开始其研究工作。这时国王叫古罗德等人到前线基地寻求帮助，于是众人便向著北方的前线基地出发。到达后进入司令室报到，发现地亚斯也来当兵。出房后古罗德和莉娜发生争执〔因地亚斯的关系！？〕，而莉娜却走了出去。到营外和地亚斯谈话，再到嘹望台和莉娜谈话，她说地亚斯曾被盗贼抢劫，其家人全部惨死。之后来回房间走一趟。突然魔物来袭，众人立刻赶上嘹望台迎战首领斯亚。此战只能死守，数个回合他便会逃走。
数日后，魔物军团大举来袭，幸好粒子炮刚刚完成，一炮便将他们轰掉。及后众人想乘胜追击，乘大货船前往艾路大陆。途中斯亚再次来袭，但粒子炮却竟然无效，众人唯有上前应战．此战必败无疑，战败后跳落海中逃走。各人漂浮到艾路大陆岸边。古罗德醒来时只看见利安一人，激励他后两人往外边找寻其他人。接著来到附近的村落，和其他同伴会合。及后到村长家寻求帮助，他说大陆中央的艾路利亚塔
是魔石的所在，恶魔的根源。这时利安喊著要找回父母，选第二行令他入队。众人决定前往，到左边仓库 得武器和ＩＤ卡后便出发。另一方面，洛尼基斯提督发现古罗德的微弱电波，于是便全速赶往密诺基尼亚惑星。
来到艾路利亚塔，利用ＩＤ卡开启大门。不断往上前进，在一言叶者处顺序输入位置∶⒈，⒋，⒉，⒋，⒈。继续往上行，在左方古罗德会被传送回母舰，与父亲团聚。突然操控员说密诺基尼亚惑星正向著另一高能量星体撞去，于是古罗德便要求父亲将他转移回去拯救同伴。回去后古罗德留下通讯机便走了。众人继续往上走，途中要和斯亚决战〔建议起码有⒋０ＬＶ，小心他的全体攻击〕，战胜后在顶楼会发现魔石，而且更发现邪恶的十贤者，他们说目的是征服全宇宙，魔物军团更是他们制造出来。接著和十贤者的其中一员决战。此战又是死守，数回合后惑星发生撞击，消失于银河系......
冲击后，过了数日。当古罗德醒来时发觉身在一个陌生地方，和同伴会合后经转移点来到一座大厦内。到右边房间和市长谈话，得知这里是新利笛大陆的比斯多拉路市。他说以前也曾受十贤者的威胁，他们毁灭了利笛惑星才被迫搬到这里，要求古罗德等人去讨伐他们，更叫众人去北方的罗斯市借飞行工具～沙利兽。答应后在都市里逛逛，在左边会遇到一红发女子，而在这里进行ＰＡ则会在宿屋见到莉娜。一切准备完后，便向著罗斯市出发。到达后打探情报〔进行ＰＡ会在宿屋二楼看见占卜师，而在上方的图书馆则会看见莉娜在搅电脑〕，去右上方的沙利兽饲养场，入内和馆长谈话，跟著会被检查拿取资料。突然沙利兽暴走，于是众人便上前阻止。战胜后馆长叫古罗德到别处找寻沙利兽，之后进入左方转移到另一大陆。
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