新医改方案中提出要加快建立和完善以基本医疗保障为主体，医疗保险和商业健康保险为补充，覆盖城乡居民的多层次医疗保障体系。医院作为医疗信息化应用和实践的主体，在医疗信息化推广和应用中发挥着至关重要的作用。从目前医院信息化发展情况看，大致可以归纳为以下五个重点领域。
IDN/IDS(integrated delivery network/system整合交付网络/整合交付系统)。协同医疗延伸了中心或专科医院的覆盖范围，增强了优质资源的可及性，从整体上降低了医疗服务的成本。而一定的治理规则，还可以渐次把协同成员的服务水平拉齐拉高。这样，相同的患者体验可以有效地分流病源。IDN模式的主要挑战来自质量保障和财务分配模式。由于在协同过程中，并没有发生医疗实体的产权合并，如何建立一套持久有效的管理、治疗、收费的治理模式，是IDN可持续发展的关键。
从服务整合的内在规律来看，有两种方案比较可行，一是所谓“垂直的”IDN，既一个综合的中心医院带动一批基础和社区诊所；二是专业职能(如放射、影像、化验、护理等)的集中化运营。在IDN模式下，转诊和检验报告互认等都成为很基础的服务。
医院资源规划管理ERP(enterprise resource planning)。有许多因素促使越来越多的院长开始更加关注医院的运营效率，医院和企业一样也需要一套合用的资源规划和管理系统。ERP的本质是在产品/服务的形成过程中，监督优化人力/资金/物料等生产要素的使用情况。在医院，从药品器械的滞院和临床损耗等成本费用管理，到科室绩效评估考核，乃至临床路径各个环节的服务追踪优化等，ERP是一个有效的工具手段。
以信息技术手段推动管理变革的挑战主要来自临床一线，习惯势力和绩效指标的设计缺陷使ERP很难一下被广泛接受。应当指出，倾听科室的声音并不一定意味着ERP是对现有体系的机械拷贝。ERP和HIS一样，应当首先是变革的载体。
个人健康记录PHR(personal health record)/eHR/eMR。关于个人健康记录，业界一直存有争议，分歧的根源在于各自不同的角度和意图，包括关注临床辅助、关注预防医学、关注费用和健康统计、关注交换和互操作、关注标准和协议等等。
从医疗卫生事业长远发展来看，个人健康档案和电子病历对实现医疗服务的全覆盖具有重要意义。电子病历是包括转诊在内的医疗服务创新的基础，是循证医学的基础，是医院信息化向服务临床过渡的必由之路。
HIMSS把电子病历导入分为从0到7共计八个阶段，可由此略窥其实现之路的漫长。IBM在评估医疗信息化发展阶段所采用的Prolink方法论也从信息模型、医嘱执行情况、科室整合、医药整合、医疗医政整合程度等循序渐进地分析和理解电子病历的实施路线。
HIS。医院信息系统HIS已经成为大中型医院的基本生产环境，可以说离开了HIS，医院就不能正常运转。目前HIS的发展有以下的方向和挑战。首先，实施HIS前，要输理业务、服务和管理流程，拓展信息覆盖范围。如医护工作站的广泛使用实现从信息流的角度对于患者端到端的服务；其次，引入条码和RFID等技术手段，使HIS具有医政服务能力；再次，在工作流的完整性方面，提供患者或病种的完整信息，建立服务合规性，满足医院业务各个环节的项目和计费的规范性，符合医疗保险监管的要求；最后，是基础设施升级的问题，医院需要建立企业级计算环境，以抵抗大作业量对于系统的冲击，保障HIS必要的稳定安全。
数字化医院。现代的网络和信息技术可以使医疗机构更加智能化。除了自动化管理带来的质量和效率的提高以外，数字化医院的主要价值还包括临床路径的优化改造甚至是个性化调整，提升患者的就医体验，缩短滞院时间，减少服务差错。而我们面临的挑战在于临床、信息、基建三个部门的协作。
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