辞去新浪董事长这一举动使段永基再一次被媒体所关注，实际上，这种关注在过去20年的时间里从来都不缺乏。
段永基版CDMA
段永基版CDMA
中关村CDMA项目对段永基的意义犹如IBM pc业务对联想的意义，后者使联想奠定了进入《幸福》500强基础，前者则……
1999年时，段永基获得了一个新的平台——中关村科技(000931.SZ)。
中关村的前身是“琼民源”，全称是海南现代农业发展股份有限公司，曾经是1996年最吸引眼球的股票之一，股价全年涨幅高达1059%。不过投资者很快被告知，琼民源虚构了5.71亿元利润中的5.66亿元，股票随即被停止交易。
为了解决这一历史遗留问题，两年后，北京住总集团成为琼民源大股东，并将琼民源的资产置换出去，1999年8月由段永基出任董事、总经理。原琼民源流通股股东以1∶1的比例，按每股5.78元增发新股，中关村股份融资10亿多元。此时适逢“新经济”热潮，到2000年，中关村的股价最高达44.80元。
各方，也包括股民都希望中关村可以成为一个荟萃中关村科技业务的平台，而段永基则理解，技术型的业务支撑如此股本规模并不容易，在咨询麦肯锡之后，他决定在业务重点放在电信增值业务上。
不过在随后似乎有一个直接切入电信运营的机会。2001年左右，段永基决心投资长城电信133网，随即成立了中关村通信公司。这个基于CDMA的133网仅在四个城市开通，性质上属于军民共建，军民共用。
当时有一个参照物，就是“小网通”，90年代末期，对应互联网带宽需求，国家批准成立了中国网络通信有限公司，随后亚信的田溯宁出任CEO，对应于当时的电信投资热潮，网通吸引了多方的投资，不过，在接下来的电信重组中，被吸收到重组后的中国网通。这一过程或者给段永基留下了深刻的印象。
中关村网络带资40亿获得广东CDMA项目总承包建设权，协议约定，建成后将享有运营公司35%的权益。5月24日，中国凯利及珠海国利出资受让了中关村网络大部分股份，中关村在CDMA项目中的股比下降到5%。段永基当时的想法，可能是形成一种上下游的联系，然后从分销、增值服务中获益。
不过，这个想法很快就被政府叫停了。CDMA项目统一由联通承建运营。2001年11月下旬，国务院决定对CDMA网先移交后清退，明确要求中关村股份在11月20日零点要全部完成移交。事后，段永基家接受CCTV《中国证券》采访时解释：这不是完全市场行为，这种移交对吧，这也不是企业行为……
随后在清退的过程中，段永基认为工程投入了33亿元，而中国联通(600050行情,股吧)方面只接受折价16亿元。《华夏时报》2007年11月刊出《中关村段永基时代谢幕》一文中指出：当时中国联通没有打算要中关村的CDMA设备，认为这些设备不如联通自己的先进，因此叫段永基派人把已经架好的CDMA设备从广东各地山顶拆除。“这些拆除费用就花了中关村好几个亿。”
后来的信息披露中关村分别于2001年6月、2001年12月、2002年3月、2002年6月共4次向中关村通信网络公司提供依次为25.6亿元、5.1亿元、2.7亿元和5000万元，总计33.9亿元担保，并且没有进行公开披露。如果说，2001年6月是工作需要，那么在11月仍在继续提供担保，就需要一个合理的说法了。
这一事件使段永基受到了来自各方的质疑。2006年3月19日，证监会给予警告并处以15万元的罚款。
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